Narrano le cronache che le prime mura di Padova vennero innalzate nel 1195 e che la prima cinta, quella che racchiudeva l'antico centro romano della città, venne completata nel 1210.

A questa in seguito, con l'espansione della città, se ne aggiunsero altre due in epoca comunale ed ezzeliniana, ed in epoca carrarese. Su quest'ultima poi nel Cinquecento Venezia eresse l'attuale cinta.

Porta e ponte Molino sono uno dei resti meglio conservati della prima cinta, che contava ben 19 porte e passaggi; il nome deriva dai numerosi mulini ad acqua, ben 34 nel 1300, un tempo galleggianti sul fiume, diminuiti a 24 verso il XVIII secolo e infine soppressi negli anni 1883-1884.

Il ponte, a cinque arcate, è d'origine romana e risale al 40-30 a.C. anche se fu, chiaramente, più volte ricostruito in loco e con parte del materiale originale.

Assieme a Pontecorvo, Ponte Molino è l'unico dei ponti romani tuttora in servizio.

La porta di Ponte Molino è ad arco ogivale sormontato da una possente torre.

Si narra che da questa torre Galileo vide i quattro satelliti di Giove, come ricorda la lapide dettata dall'epigrafista padovano Carlo Leoni (1812-1874): "da questa torre Galileo molta via de' cieli svelò".

Da Porta Molino inizia Riviera dei Mugnai, dove è possibile vedere sezioni delle mura medievali, parzialmente incluse nelle costruzioni moderne.

Nel rione di via Dante, l'antica via romana collegata alla Porta, nel Medioevo avevano sede artigiani del cuoio e della scarpe; i più poveri, che non potevano permettersi una bottega in città, trasferirono la loro attività verso la Riviera del Brenta, oggi nota per la fiorente attività calzaturiera.